La editorial Shinchōsha fundó en 1988 el Premio Mishima Yukio, en honor del célebre autor, muerto en 1970. Shinchōsha había organizado anteriormente el Premio Shinchōsha de Literatura (Shinchōsha Bungakushō) desde 1954 a 1967, y el Gran Premio de Literatura Japonesa (Nihon Bungaku Taishō) desde 1969 a 1987. En 1988, la editorial decidió relanzar su premio en dos líneas diferentes: el Mishima para obras de «literatura pura» (junbungaku) y el Premio Yamamoto Shūgorō para «literatura de masas».
Las bases del Mishima indican que se concederá a una obra que «abre nuevos caminos para la literatura». Aunque no es un premio para escritores noveles (shinjinshō), se suele conceder a autores que aún no están establecidos en el mercado literario japonés. Comparado con el Akutagawa, tiende a premiar obras más experimentales y vanguardistas, y a considerar un espectro más amplio de géneros literarios.
Entre las obras premiadas se encuentran Yūga de kanjōteki na Nihon yakyū (El béisbol japonés, elegante y sentimental) de Takahashi Gen’ichirō en 1988, Ashura gaaru (Chica ashura) de Maijō Ōtarō en 2003, Love de Furukawa Hideo en 2006 y Kwontamu famiriizu (Familias cuánticas) de Azuma Hiroki en 2010.
Actualmente el jurado lo componen los escritores Kawakami Hiromi, Takamura Kaoru, Tsujihara Noboru, Hirano Keiichirō y Machida Kō.